Im Jahre 2067 entscheidet sich Japan aus den Vereinten Nationen auszutreten. Durch geschlossene und stark bewachte Grenzen sowie einem magnetischen Schutzschild, der das Land selbst für Satelliten uneinsehbar macht, isoliert sich Japan vollständig vom Rest der Welt. 2077 erhält die NATO einen Bericht über eine neue Superwaffe der Japaner und deren Plan, damit die Welt zu erobern.

Die kleine Hexe Kiki muß ihrer Tradition folgen und 1 Jahr außerhalb der Familie und Freunde leben. Zusammen mit ihrer Katze Jiji macht sie sich auf den Weg, sucht sich eine Stadt und versucht Geld zu verdienen. Sie landet bei einer lieben Bäckerfamilie und kann dort einen kleinen Lieferservice eröffnen, denn Kiki liefert ihre Ware auf einem fliegenen Besen. Zudem lernt sie einen zuerst aufdringlichen Jungen Tombo kennen, der vom Fliegen begeistert ist, sich dann aber als ganz lieber Junge entpuppt. Plötzlich verliert Kiki ihre Zauberkraft und ihr Betrieb kann nicht weitergeführt werden. Doch Kiki bemüht sich auch weiterhin um ihre Arbeit. Als Tombo in einen gefährliche Lebenssituation gerät und Kiki ihn retten kann, wird sie in der ganzen Stadt bekannt und geliebt.