Zehn Jahre, nachdem Skipper, Kowalski, Rico und Private Spaß und abenteuerliche Spezialeinsätze als Lebensziel ausgerufen haben, stehen die vier Pinguine aus dem New Yorker Zoo vor ihrer größten Herausforderung. Oktopus Dave will sich an allen Pinguinen rächen, sie in monströse Kreaturen verwandeln, weil ihm die niedlichen Vögel in jedem Tierpark die Schau stahlen. Doch Dave rechnet nicht mit der souveränen Coolness der Frackträger und der Unterstützung, die sie durch die Superprofis vom Agententeam "Nordwind" erhalten.

Den beiden Gegenspielern Megamind und Megaman wurde der Kampfgeist schon in die Wiege gelegt. Von unterschiedlichen Planeten stammend, wurden beide von ihren Eltern ins All gefeuert, als es dort für die Kleinen zu gefährlich wurde.Viele Jahre später treibt Megamind als legendärer Superbösewicht auf der Erde sein Unwesen und der einzige Grund, weshalb sein Plan, die Stadt Metro City zu erobern, bislang noch nicht aufgegangen ist, ist eben sein Erzrivale Megaman, denn der maskierte Superheld konnte Megaminds Vorhaben stets vereiteln. Doch eines Tages tappt Metroman doch in eine heimtückische Falle von Megamind und kommt dabei ums Leben.