Maltazard, der böse M., - jetzt sagenhafte zwei Meter groß - hat sich mit einem schrecklichen Plan unter die Menschen gemischt: er will mit seiner grausamen Armee riesiger Monster die Macht über das ganze Universum erlangen. Nur einer kann ihn aufhalten: Arthur! Doch Arthur lebt als Minimoy in deren Königreich tief unter dem Garten seiner Großeltern. Er muss die Welt der Minimoys verlassen und sich auf die gefährliche Reise ins Haus seiner Großeltern begeben, um das Elixir zu finden, das ihn wieder zum Menschen macht. Natürlich begleiten ihn seine besten Freunde: die schönen Minimoy-Prinzessin Selena und ihr kleiner Bruder Beta. Zu Fuß, mit dem Rad, dem Auto und auf dem Motorrad begeben sich die drei Minimoys auf ihre aufregende Reise durch die Welt der Menschen. Sie nutzen jedes Mittel und brauchen jede Hilfe, um den bösen M. endlich und für immer zu besiegen.

So hat Arthur sich die Sommerferien nicht vorgestellt: Das Grundstück seiner Großmutter ist in Gefahr und kann nur durch den Schatz seines verschwundenen Großvaters gerettet werden. Das Problem: Der Schatz ist tief unter dem Garten verborgen, in einem märchenhaften Land voll winziger Zauberwesen - und Arthur bleiben nur 48 Stunden Zeit. Durch einen Zauber schrumpft Arthur auf 2 mm Größe und gelangt in das Königreich der Minimoys. Doch damit geht das Abenteuer erst richtig los, denn das Reich wird von einem unheimlichen Tyrannen bedroht. Zum Glück stehen Arthur die Minimoy-Prinzessin Selenia und ihr Bruder zur Seite. Werden die drei den bösen Maltazard besiegen und den geheimnisvollen Schatz finden?

Für die Kaiserpinguine gibt es nichts schöneres als Singen und so nimmt der Gesang eine zentrale Rolle bei der Partnerfindung ein. Das Ehepaar Memphis und Norma Jean ist davon nicht sonderlich begeistert, da ihr Sohn Mumble zwar ein begnadeter Stepptänzer aber dafür ein miserabler Sänger ist. Aus diesem Grund wird er schließlich aus der Gemeinschaft ausgestoßen und muss sich fortan allein zurechtfinden. Zum Glück trifft er auf eine Gruppe "normaler" Pinguine, die von seinem Tanz begeistert sind und ihn sofort bei sich aufnehmen.