65 Millionen Jahre vor unserer Zeit und weit weg von seiner Heimat wird das Dinosaurier-Baby Aladar von einer Lemurenfamilie aufgezogen. Doch der riesige Spaß mit seinen kleinen Freunden Zini und Plio hat ein jähes Ende, als ein Meteoriteneinschlag sie zur Flucht zwingt. Aladar und seine Familie schließen sich einer Herde Dinosaurier an, die sich auf dem gefahrvollen Weg in eine neue Heimat befindet. Eine abenteuerliche Expedition voller Mut, Freundschaft und Hoffnung beginnt ...

2065: Nach dem Einschlag eines Meteors überschwemmen bösartige Aliens die Erde. Die Wissenschaftlerin Dr. Aki Ross birgt die letzte Hoffnung für die Menschheit. Unterstützt durch ihren Mentor Dr. Sid und die Soldatentruppe "Deep Eyes", unter Führung von Captain Gray Edwards, kämpft Dr. Ross nicht nur gegen die Aliens, sondern auch gegen General Hein, der auf eigene Faust versucht die Welt vor dem Untergang zu bewahren ...

Im Schutze eines großen Riffs lebt die Familie von Clownsfisch Marlin relativ sicher und trotzdem werden seine Frau und nahezu alle seine Kinder Opfer eines gefräßigen Räubers. Das einzige ihm verbleibende Kind ist der kleine Nemo, der von da an besonders behütet wird. Doch die Neugier ist zu groß und prompt wird Nemo gefangen und zu den Menschen als Zierfisch gebracht. Durch ein paar Möwen erfährt Marlin alsbald, wo Nemo gelandet ist: im Aquarium eines Zahnarztes in Sydney. Mutig macht sich der Clownsfish mit seiner Freundin Dory, die allerdings ständig an Gedächtnisverlust leidet auf den Weg dorthin, wobei an Haien, Quallen und anderen Gefahren. Währenddessen ist Nemo nicht untätig und plant mit den anderen Aquariumsfischen einen gewagten Ausbruch aus ihrem Gefängnis...