Familie Little bekommt Zuwachs. Eigentlich wollten Mama und Papa ihrem Sohnemann im Waisenhaus ja ein Brüderchen besorgen, aber dann haben sie sich doch für Stuart, eine kleine Maus, entschieden, die schon sehr lange im Waisenhaus ist. Doch der kleine Neuling in der Familie wird nur von den beiden Erwachsenen akzeptiert, Sohn und Katze haben ihre Probleme mit der Gleichstellung eines sprechenden Nagetiers.

Die frisch verheirateten Shrek und Prinzessin Fiona werden in Fionas Königreich "Weit weit weg" eingeladen, um die Hochzeit von Fionas Eltern segnen zu lassen - was Shrek für keine gute Idee hält, und er hat Recht damit: Die Eltern sind von der Verwandlung ihrer Tochter in eine Ogerin entsetzt, eine Gute Fee möchte ihren Sohn Prinz Charming mit Fiona verkuppeln und ein Killerkater wird damit beauftragt, Shrek beiseite zu schaffen.

Während ihres Urlaubs stranden die Rugrats auf einer einsamen Insel. Hilfe naht, als sich Familie Stachelbeere - wieder mal beim Drehen einer Naturdokumentation - auf eben diese Insel verirrt.