65 Millionen Jahre vor unserer Zeit und weit weg von seiner Heimat wird das Dinosaurier-Baby Aladar von einer Lemurenfamilie aufgezogen. Doch der riesige Spaß mit seinen kleinen Freunden Zini und Plio hat ein jähes Ende, als ein Meteoriteneinschlag sie zur Flucht zwingt. Aladar und seine Familie schließen sich einer Herde Dinosaurier an, die sich auf dem gefahrvollen Weg in eine neue Heimat befindet. Eine abenteuerliche Expedition voller Mut, Freundschaft und Hoffnung beginnt ...

2065: Nach dem Einschlag eines Meteors überschwemmen bösartige Aliens die Erde. Die Wissenschaftlerin Dr. Aki Ross birgt die letzte Hoffnung für die Menschheit. Unterstützt durch ihren Mentor Dr. Sid und die Soldatentruppe "Deep Eyes", unter Führung von Captain Gray Edwards, kämpft Dr. Ross nicht nur gegen die Aliens, sondern auch gegen General Hein, der auf eigene Faust versucht die Welt vor dem Untergang zu bewahren ...