Die zwei Waisen Shin und Hyou wachsen gemeinsam als Sklaven auf einem Bauernhof auf. Beide träumen davon, ihr ärmliches Leben eines Tages hinter sich zu lassen und zu großen Generälen aufzusteigen. Ihr ganzes Leben trainieren sie einander dafür im Schwertkampf. Als Hyou eines Tages von einem Gesandten des Königs entdeckt und als Double des Herrschers auserkoren wird, scheint sein Traum endlich in Erfüllung zu gehen. Doch als Shin seinen Freund das nächste Mal sieht, liegt dieser blutüberströmt in seinen letzten Atemzügen. Der Bruder des Königs hat den Thron an sich gerissen und Hyou ermordet. Shin schwört, seinen Freund zu rächen und macht sich auf eine Reise, die größer ist, als er sich je hätte erträumen können.

Als die japanische Küstenwache eine verlassene Yacht in der Bucht von Tokio inspiziert, wird sie scheinbar aus dem Nichts angegriffen. In der Folge häufen sich ähnliche Zwischenfälle, sodass Deputy Chief Cabinet Secretary Rando Yaguchi (Hiroki Hasegawa) bald überzeugt ist, dass eine Art unbekanntes Lebewesen dahintersteckt. Mit seinen Warnungen stößt er jedoch so lange auf taube Ohren, bis sich plötzlich eine gigantische Kreatur aus dem Wasser erhebt und alles, was ihr im Weg steht, zerstört. Yaguchi stößt währenddessen auf die Forschungsarbeit eines in Ungnade gefallenen Professors und entdeckt, dass die Godzilla getaufte Kreatur durch radioaktive Strahlung entstanden ist. Das japanische und amerikanische Militär ist hilflos gegen Godzilla, also muss Yaguchi einen Weg finden, das Monster zu besiegen. Mit Hilfe der US-Sondergesandten Kayoko Ann Patterson (Satomi Ishihara) schmiedet er einen Plan...