Eduard I. (Stephen Dillane) von England hat Schottland besetzt. Robert I. alias Robert the Bruce (Chris Pine), vormals ein Adliger mit entsprechender Stellung, will sich nicht demütigen lassen. Obwohl er weiß, welche Folgen drohen, steigt er auf den schottischen Thron - er scharrt Anhänger um sich, die ihm treu ergeben sind und für ihn gegen die Armee des neuen, tyrannischen Königs kämpfen. Auch dessen Sohn, der Prinz von Wales (Billy Howle), ist ein Feind. Robert wird zum Held. Aber was ist der Preis?

Der Rechtsanwalt Adam Ewing lernt 1850 mit einem Schiff die Ureinwohner des Südpazifik und ihre Unterdrückung kennen. Der Junge Musiker Robert Forbisher arbeitet 1931 an seinem Wolkenatlas-Sextett und wird dabei von Ewings Tagebuch inspiriert. Die Journalistin Luisa Rey ermittelt 1975 über eine vertuschte Fehlkonstruktion beim Bau eines Atomkraftwerks und erfährt dabei auch von Forbisher. Der Verleger Timothy Cavendish, der Luisa Reys Geschichte veröffentlichen will, wird in der Gegenwart irrtümlich in ein Altenheim eingewiesen. In der nahen Zukunft kämpft die junge Replikantin Sonmi-451, deren Lieblingsfilm die Verfilmung von Cavendishs Lebensgeschichte ist, für die Anerkennung ihrer Menschlichkeit. Schließlich spielt eine Episode in ferner Zukunft, in der die menschliche Zivilisation weitgehend wieder auf den Stand der Steinzeit zurückgefallen ist. Nur ein Hologramm mit den Aufzeichnungen Sonmis kündet von der lange vergangenen Zeit.