Keiner kennt die Tiefen der sieben Meere besser als Dokumentarfilmer Steve Zissou, der mit seinem "Team Zissou" das Leben unter Wasser im U-Boot erforscht. Aber Steve hat schon bessere Zeiten erlebt und setzt nun alles auf eine Karte, um sich mit einer aufsehenerregenden und womöglich letzten Expedition einen Platz in der Geschichte zu sichern. Bei seiner letzten Expedition kam Steves Partner Esteban du Plantier ums Leben, weil ihn ein bis dahin unbekannter Jaguarhai angegriffen hat. Diesem seltsamen Geschöpf will Steve nun an den Kragen. Zu seinen Expeditionsteilnehmern gehören der verschrobene Deutsche Klaus Daimler, der Sicherheitsexperte Pelé dos Santos, Anne-Marie Sakowitz, Steves angeblicher Sohn Ned Plimpton und die schwangere Journalistin Jane Winslett-Richardson. Schon kurz nach der Abfahrt häufen sich die Probleme und Steves langjähriger Widersacher Alistair Hennessey macht die Aufgabe auch nicht leichter.

Der erfolgreiche Versicherungsmakler John C. Nolans wird Zeuge eines Überfalls, ein Mann wird erschossen und stirbt in Nolans Armen. Er hält sich für mitschuldig und beginnt, die Lebensgeschichte des Fremden zu recherchieren: Auggie Rose war ein Schwerverbrecher, ein Ex-Sträfling, der fast sein ganzes Leben hinter Gittern verbracht hatte und erst wenige Tage zuvor entlassen worden war. Nolan ist fasziniert von dieser Geschichte aus einer anderen, ihm bisher völlig fremden Welt. Immer tiefer taucht er in Auggie Roses Leben ein, mehr und mehr übernimmt er dessen Identität - und viel zu spät wird ihm klar, dass er mit seinem gewagten Spiel seine eigene Existenz riskiert...