Der abgehalfterte US-Militär Captain Nathan Algren nimmt im Jahr 1875 den Auftrag an, die Armee des japanischen Kaisers auszubilden. Er soll die Truppe auf den Kampf gegen die alten Krieger des japanischen Kaiserreichs vorbereiten: den Kampf gegen die Samurai. Doch bereits im ersten Gefecht werden die Soldaten vernichtend geschlagen und Algren wird gefangen genommen. Schwer verletzt wird er in das Dorf des Anführers der Samurai Katsumoto gebracht. Er wird gesund gepflegt und lernt die Lebensweise der Samurai kennen. Wieder zurück in Tokio muss er sich entscheiden, auf welcher Seite er steht. Wird er mit den von Amerikanern geführten japanischen Soldaten kämpfen oder sich für die Seite der Samurai entscheiden?

FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau ...