Nachdem eine Frau nach einer Auslandsreise an einem mysteriösen Virus stirbt und ähnliche Fälle auf dem ganzen Planeten auftreten, ist schnell klar: eine Epidemie breitet sich aus, die schnell weltweit immer größere Teile der Bevölkerung hinwegrafft. Während die Wissenschaftler des amerikanischen Centers for Disease Control and Prevention Dr. Ellis Cheever, Dr. Erin Mears und Dr. Ally Hextall versuchen mehr über das Virus herauszufinden und ein Heilmittel zu entwickeln, reist Dr. Leonora Orantes von der Weltgesundheitsbehörde in Genf nach Hongkong, wo man den Ursprung der Krankheit vermutet. Unterdessen muss Mitch Emhoff mit dem Tod seiner Ehefrau fertig werden und versucht verzweifelt, seine Tochter vor einer Infektion zu schützen. Derweil schafft es der fanatische Blogger Alan Krumwiede mit seinen Texten weltweit Panik auszulösen.

Nach seinem Aufeinandertreffen mit den Avengers ist Peter Parker alias Spider-Man wieder zurück in New York, wo er bei seiner Tante May wohnt. Seitdem er mit bzw. gegen die anderen Helden kämpfte, fragt er sich, ob er mit seinen herausragenden Fähigkeiten nicht mehr machen sollte, als nur die freundliche Spinne aus der Nachbarschaft zu sein, die den einen oder anderen Einbruch verhindert und Taschendiebe stoppt. Doch daneben muss der von seinem neuen Mentor Tony Stark geförderte Jugendliche auch noch den Alltag auf die Reihe bekommen, den Alltag als Teenager an einer Highschool, wo er sich in Liz verguckt hat. Blöd, dass ausgerechnet in dieser Situation ein Bösewicht für Unruhe sorgt, der technisch bestens ausgestattet ist und von Rachedurst getrieben: der Vogelmann Vulture ...