Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.

Der brutale Bostoner Mafiaboss Frank Costello hat es geschafft, mit Colin Sullivan einen seiner treuesten Männer bei der städtischen Polizei einzuschleusen, um stets auf dem Laufenden über die geplanten Aktivitäten der Cops zu bleiben. Und weil die Taktik, den Gegner mit Hilfe eines Maulwurfs auszuspionieren, zwar alt aber effektiv ist, hatten auch Polizeichef Queenan und Sergeant Digman diese Idee. Ihr Undercover-Ermittler Billy Costigan hat sich schnell zu einem der engsten Vertrauten von Pate Costello hochgearbeitet. Als sowohl die Mafia als auch das Police-Department erfahren, dass sich ein Falschspieler in ihren Reihen befindet, ohne aber dessen Identität zu kennen, müssen Sullivan und Costigan alles daran setzen, dass der jeweils andere zuerst auffliegt, um somit ihre eigene Tarnung aufrecht erhalten zu können.

Der langjährige CIA-Agent und Terrorismusexperte Robert Baer muss mit Erschrecken feststellen, dass die CIA trotz wachsender Terrorgefahr seine Budgets kürzt. Gleichzeitig widerfährt dem Öl-Makler Bryan Woodman und seiner Frau Julie eine familiäre Tragödie, durch die er sich mit dem idealistischen persischen Prinzen Nasir anfreundet. Außerdem wird der Anwalt Bennett Holiday von Gewissensbissen geplagt, nachdem er die fragwürdige Fusion zweier Öl-Konzerne einfädelte.

Der langjährige CIA-Agent und Terrorismusexperte Robert Baer muss mit Erschrecken feststellen, dass die CIA trotz wachsender Terrorgefahr seine Budgets kürzt. Gleichzeitig widerfährt dem Öl-Makler Bryan Woodman und seiner Frau Julie eine familiäre Tragödie, durch die er sich mit dem idealistischen persischen Prinzen Nasir anfreundet. Außerdem wird der Anwalt Bennett Holiday von Gewissensbissen geplagt, nachdem er die fragwürdige Fusion zweier Öl-Konzerne einfädelte.

Jason Bourne und seine Lebensgefährtin Marie leben zurückgezogen in Indien, doch der immer noch unter Amnesie leidende Jason wird jede Nacht von Alpträumen gequält. Als in Berlin zwei Agenten getötet werden, schiebt man ihm die Schuld in die Schuhe. Wieder setzt die CIA Agenten auf Bourne an und er und Marie müssen flüchten. Doch als die CIA-Killer Marie töten dreht Jason den Spieß um...