In einem japanischen Atomkraftwerk, in dem der amerikanische Ingenieur Joe Brody und seine Frau Sandra beschäftigt sind, kommt es zu einer Katastrophe. Noch Jahre später versucht Joe, der als einer der wenigen überlebt hat, die wahren Ursachen des Unglücks aufzuklären. Und seine Intuition gibt ihm Recht. Zusammen mit seinem Sohn Ford und dem Wissenschaftler Ichiro Serizawa findet er heraus, dass ein riesiges Monster für die Katastrophe von damals verantwortlich war. Und jetzt schlägt es wieder zu! Das Militär ist machtlos. Kann der sagenumwobene Godzilla helfen?

Bei einem Gipfeltreffen im spanischen Salamanca hat US-Präsident Ashton mit Staatsmännern aus aller Welt ein bahnbrechendes Bündnis im Kampf gegen den Terror geschlossen. Doch als er seine Rede hält, wird er erschossen. Sofort machen sich die beiden Secret Service Agenten Thomas Barnes und Kent Taylor auf die Suche nach dem Attentäter. Und schnell zeigt sich, dass dieses Attentat nur der Anfang war. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt, in dem auch der Tourist Howard Lewis, der das Attentat mit seiner Videokamera gefilmt hat, und die amerikanische Fernsehproduzentin Rex Brooks, die für die Live-Übertragung der Rede verantwortlich war, eine Rolle spielen.