Der Krieg, den Koba mit den von der Seuche stark dezimierten Menschen angezettelt hat, ist in vollem Gange. Affen-Anführer Caesar geht es dabei gar nicht länger ums Gewinnen, er will lediglich einen Weg finden, wie er mit seinem Stamm in Frieden leben kann. Doch eine Spezialeinheit unter Führung des brutalen Colonel will Caesar um jeden Preis tot sehen und so werden im Urwald vor den Toren San Franciscos weiterhin blutige Gefechte ausgetragen, die in einem heimtückischen Anschlag auf das geheime Versteck der Affen gipfeln, das ein Verräter preisgegeben hat. Nun gärt in dem sonst friedliebenden Caesar das Bedürfnis nach Rache und mit seiner rechten Hand Rocket und einigen weiteren Getreuen macht er sich auf die beschwerliche Suche nach dem Colonel, fest entschlossen, keine Gnade mehr walten zu lassen.

Vancouver 2077: Acht Mitglieder der skrupellos-anarchistischen Terrorgruppe "Liber8" stehen unmittelbar vor ihrer Hinrichtung. Doch durch einen Zeitsprung entkommen die selbsternannten Revolutionäre in das Jahr 2012. Unfreiwillig wird auch die Polizistin Kiera Cameron in die Zeitreise hineingezogen. Im Vancouver der Gegenwart, ist Kiera auf sich allein gestellt. Ihre wichtigste Waffe, eine multifunktionale zweite Haut, die auch als Kommunikationsinstrument dient, wurde beim Zeitsprung schwer beschädigt. Um die acht entflohenen Verbrecher wieder einzufangen, schleust sich Kiera in das Police Department ein. Dort wird der erfahrene Ermittler Carlos Fonnegra zu ihrem wichtigsten Partner. Viel Zeit bleibt den beiden jedoch nicht, denn die Terroristen aus der Zukunft sind bereits dabei, den Lauf der Geschichte entscheidend zu verändern.