Der Mäuserich Stuart lebt immer noch glücklich bei der Familie Little. Neben der neun Monate alten Martha hat die Familie noch weiteren Zuwachs bekommen, nämlich die Vogeldame Margalo, die Stuart aus den Klauen eines Falken gerettet hat. Eines Tages aber verschwindet Margalo auf mysteriöse Weise, woraufhin der Nager sich auf die Suche nach ihr macht. Dabei muß er sich abenteuerlichen Herausforderungen stellen und lernt, wie wichtig Familie, Freundschaft und Vertrauen sind.

Der idyllische Bauernhof eines veganischen Farmers. Dort kümmert sich das glückliche Vieh tagsüber ums Geschäft und feiert allnächtlich gewaltige Sausen. Die einzige Gefahr droht von den Kojoten der umliegenden Wildnis, die es aber nicht wagen, die vom weisen Rind Ben bestens organisierte Truppe anzugreifen. Das ändert sich rasch, als Bens Sohn Otis, ein ziemlicher Hallodri, dessen Aufgaben übernehmen muss. Und zu allem Überfluss dämmert gerade jetzt auch dem Hofbesitzer, was sich so alles auf seinem Besitz abspielt.