Johnny English arbeitet mittlerweile nicht mehr als Geheimagent, sondern als Lehrer. Doch als ein mysteriöser Hacker sämtliche britischen Spione enttarnt, bleibt dem Geheimdienst nichts anderes übrig, als English zu reaktivieren und auf eine gefährliche Mission zu schicken, obwohl dieser bisher jeden seiner Aufträge verbockte. Denn er ist der einzige Undercover-Agent, der kein Opfer des Hackangriffs geworden ist - einfach weil English keinen Plan von der Digitalisierung und damit auch nicht von Smartphones oder Computern hat. Nun stolpert der Spion also mit seinen gnadenlos veralten Methoden und seiner trotteligen Art von einer Pleite zur nächsten, bleibt dennoch die letzte Hoffnung der britischen Premierministerin und trifft die verführerische Ophelia

Alex Thompson, Elisa Bowers, Ken Long und Delia Graci sind Schüler an der West Appleton Junior High School. Sie gelten als Außenseiter. Die vier Schüler werden auserkoren, ihre Schule im Wettbewerb gegen eine andere Schule zu vertreten.