Der Hotelangestellte Skeeter erzählt seiner Nichte und seinem Neffen eine Gute-Nacht-Geschichte, wie es sein Vater immer getan hat. Allerdings wird diese Geschichte am nächsten Tag plötzlich Wirklichkeit. Mit der Hoffnung auf Profit durch diesen Umstand erzählt der Onkel den Kindern weitere Geschichten, die für ihn ein gutes Ende haben. Doch er muss bald feststellen, dass nicht er die Kontrolle über die Geschehnisse hat und deshalb einiges schief läuft.

Nachdem sie ihren größten Feind Shredder in die Schranken gewiesen haben, leben sich die vier Ninja-Turtles zunehmend auseinander. Als der Großindustrielle Max Winters damit beginnt, eine Armee von Monstern um sich zu scharen, muss Meister Splinter seine Schützlinge Donatello, Raphael, Michelangelo und Leonardo wieder vereinen, um nicht nur New York, sondern die ganze Welt zu retten.