In diesem sich stets weiter ausdehnenden Universum aus Helden und Schurken erwacht der ehemals große und mächtige Herrscher Mata Nui und findet sich in einer entlegenen und verfallenden Einöde aus Schrottteilen und polierten Metallen wieder. Auf einem Wüstenschrottplatz. Die Bewohner der hiesigen Dörfer durchstöbern die Reste und bauen daraus Unterschlüpfe, Überlebensausrüstung und schließlich sogar Arenen, in denen sie ihre Turniere austragen können. Indem die einzelnen Dörfer ihre jeweils besten Gladiatoren gegeneinander antreten lassen, können die Stämme jeden Streit schnell beilegen. Hierzu entscheidet das Ergebnis des Wettkampfs. Auf der Suche nach einer Möglichkeit, wieder nach Hause zu gelangen, gerät Mata Nui mitten in einen dieser Wettkämpfe.

Nachdem sie ihren größten Feind Shredder in die Schranken gewiesen haben, leben sich die vier Ninja-Turtles zunehmend auseinander. Als der Großindustrielle Max Winters damit beginnt, eine Armee von Monstern um sich zu scharen, muss Meister Splinter seine Schützlinge Donatello, Raphael, Michelangelo und Leonardo wieder vereinen, um nicht nur New York, sondern die ganze Welt zu retten.