Mitten in seiner Vorfreude erreicht Arthur ein eiliger Hilferuf auf einem Reiskorn. Kein Zweifel - der muss von den Minimoys kommen! Arthur überlegt nicht lange und begibt sich auf eine gefährliche Reise. Kopfüber landet er in Max' Bar und muss sich gleich mit den Truppen von Kröb, dem neuen Tyrannen der Sieben Königreiche, anlegen, um seinen Freund Beta zu befreien. Als die beiden schließlich im Dorf der Minimoys ankommen, ist Selenia verschwunden. Dahinter kann nur einer stecken: der böse M, der zurückgekehrt ist und einen finsteren Plan schmiedet...

In ihrem neuen Abenteuer möchten Alex, Marty, Melman und Gloria die Insel Madagaskar, wo sie nach einer längeren Odyssee gestrandet waren, verlassen, und wieder zurück "nach Hause" in den Zoo im New Yorker Central Park. Die Pinguine machen ein altes Flugzeugwrack wieder flott und die Heimreise kann beginnen. Auch mit an Bord gehen die Schimpansen Mason und Phil sowie King Julien und sein Privatsekretär Maurice. Es glückt zwar der Start des mit Klebeband geflickten Flugzeugs, aber weiter als bis nach Afrika schaffen sie es nicht und landen mit einem harten Aufprall mitten in der Steppe. Alex und seine Freunde treffen diesmal nicht nur auf Artgenossen, sondern sogar auf die eigene Familie und geraten mitten in ein neues turbulent-witziges Abenteuer ...