Alvin, Simon und Theodore machen Urlaub auf einem Luxuskreuzer und verwandeln die Decks in ihren persönlichen Spielplatz. Aber dann: Die Chipmunks erleiden Schiffbruch! Und landen auf einer öden Insel. Während Dave Seville sich nur Gedanken darüber macht, dass sie sich unerlaubt von der Gruppe entfernt haben, hauen die Chipmunks auf den Putz, wie man es von ihnen kennt. Sie singen, tanzen und verbreiten Chaos. Aber sie erleben ihr blaues Wunder, als sie auf einer Abenteuerinsel einem Schiffbrüchigen begegnen, der Alvin und den Chipmunks durchaus gewachsen ist.

Weil Ersatzvater Dave nach einem Unfall im Krankenhaus liegt, bekommen Chipmunk Alvin und seine beiden Brüder mit Daves Cousin Toby einen neuen Betreuer. Der allerdings ist so liebenswert wie schüchtern und überfordert. Damit sind die Chipmunks auf sich gestellt: in der Schule, wo Alvin über seine neuen coolen Freunde aus dem Footballteam seine Brüder vergisst, sowie im Popbusiness, wo ihr alter intriganter Manager mit den Chipettes, drei süßen Chipmunkgirls, echte Konkurrenz aufgebaut hat, die allerdings nur ihn reich machen soll.

Der Architekt Matt ist zwar nicht gerade ein Partylöwe, hat aber in der Galleristin Jenny eine tolle Partnerin gefunden. Leider ist Jenny gewaltig eifersüchtig und durch und durch neurotisch - und außerdem das Alter Ego der Superheldin G-Girl. Als dem armen Matt das aufdringliche Verhalten seiner Freundin zu bunt wird, gibt er ihr den Laufpass und tröstet sich mit Kollegin Hannah. Aber da hat er die Rechnung ohne das Temperament und die Superkräfte seiner Ex gemacht, die nun alles tut, um Matt zurück zu gewinnen.

Jessica ist eine eingebildete Highschool-Tusse mit allen dazugehörigen Merkmalen: Sie verachtet jeden, der weniger Geld hat als sie, ist Mitglied im Cheerleader-Team und trägt 3 Tonnen Schminke auf ihrem Gesicht. Und da sie eine Bilderbuch-Zicke ist, lässt ihr Charakter auch stark zu wünschen übrig. Umso tiefer sitzt der Schock, als sie eines Morgens im Körper des etwas zu klein geratenen Verlierers Clive, der sich mit Tankstellenüberfällen über Wasser hält, aufwacht. Nun macht sich Jessica auf die Suche nach der Ursache dieses faulen Zaubers ...