Zweiter Teil der erfolgreichen Comicverfilmungen. Terroristen besetzen den Eiffelturm und drohen, eine Wasserstoffbombe zu zünden. Superman schafft es, die Bombe im Weltall zu entsorgen. Die Explosion befreit General Zod, Ursa und Non, die in der Phantomzone gefangen waren. Clark Kent, der inzwischen für Lois Lane seine Superkräfte aufgegeben hat, nimmt den Kampf gegen die Verbrecher auf.

Im zweiten Weltkrieg versuchen Nazi-Wissenschaftler auf dem Gebiet des Okkulten mit Hilfe des bösen Rasputin ein Tor zur Hölle zu öffnen und sieben Götter des Chaos zu ihren Gunsten auf die Erde loszulassen. Eine amerikanische Geheimorganisation unter der Leitung von Professor "Broom" Bruttenholm kann dies verhindern, doch durch das unfertige Tor fällt ihnen ein noch junger Dämon, genannt "Hellboy" in die Hände. Broom erzieht ihn zum Kampf gegen das Böse und in unserer Zeit hat er es sich auf der guten Seite recht gemütlich gemacht, ist sogar heimlich verliebt in die pyrokinetische Liz. Als Rasputin jedoch sich anschickt, seinen Plan zu vollenden, mobilisiert die Organisation alle Kräfte und Hellboy ist mittendrin.