In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Die 16jährige Däumeline, ihrem Namen gemäß kaum größer als ein Daumen, verliebt sich in einen wunderschönen Elfenprinzen. Doch schon nach dem ersten Rendez-Vous wird das Mädchen von hinterlistigen Kröten entführt. Nachdem Däumeline in der Folge auch noch an allerlei häßliches Getier weiterverliehen wird, landet sie in den Pfoten eines Maulwurfs, der sie ehelichen will. Da erscheint endlich ihr geliebter Prinz und kann sie im letzten Moment retten.

Aladdin ist ein gewitzter Straßenjunge, der sich auf den ersten Blick unsterblich in die schöne Prinzessin Yasmin verliebt. Als er in den Besitz der Wunderlampe kommt, auf die es auch der böse Großwesir Jaffar abgesehen hat, verändert sich sein Leben. Der von Aladdin befreite Flaschengeist Dschinni gewährt dem Lausbub nämlich drei Wünsche. Als reicher Prinz gewandet macht er so Yasmin den Hof. Das wiederum beäugt der böse Jaffar mit wachsendem Unmut.