Nachdem Thomas (Dylan O'Brien) dem Labyrinth entkommen ist und die Brandwüste durchquert hat, sind die Abenteuer für ihn und seine Freunde noch längst nicht ausgestanden. Ein Jahr ist vergangen. Inzwischen haben er, Newt (Thomas Brodie-Sangster), Minho (Ki Hong Lee) und Teresa (Kaya Scodelario) so einiges in Erfahrung gebracht. Sie wissen nun, dass sie Teil eines groß angelegten Experiments waren, mit dem die Organisation Wicked ein Heilmittel für die weltweit ausgebrochene Seuche namens Der Brand finden wollte, die Menschen in tollwütige Bestien verwandelt. Thomas gehört zu den wenigen Personen, die gegen den letztendlich tödlich endenden Virus immun sind, und so fällt es nun ihm zu, den Verfall der Menschheit aufzuhalten.

Paul Edgecomb und seine Kollegen sind Wärter im Todestrakt eines Gefängnisses in den 30ern. Paul versieht seinen Job zwar immer noch mit der größtmöglichen Menschlichkeit, doch er wird zunehmend zynischer, da er ständig Menschen sterben sieht. Außerdem ist er krank. Da kommt ein neuer Delinquent in den Trakt: John Coffey, ein farbiger Riese von friedlichster Bauart, der im Dunkeln Angst hat. Wie sich herausstellt, hat Coffey heilende Fähigkeiten, die auch Paul kennenlernt. Zunehmend gerät er in Zweifel, ob dieser Gigant sterben soll, vor allem da er die Morde, wegen der er verurteilt ist, nicht begangen zu haben scheint. Doch der Stuhl wartet und Coffeys Gabe droht für immer zu verschwinden ...