Die Fortsetzung des Films "Stargate" von 1994, beschreibt die weiteren Abenteuer des SGC (Stargate Command). Es stellt sich heraus, dass der Goa'uld Ra nur einer von vielen außerirdischen Herrschern war, der das Stargate zur Eroberung des Universum benutzte. Nach der vollständigen Entschlüsslung des Stargates, können nun Reisen ins ganze Universum unternommen werden. Das Militär sendet SG-Teams um diese neuen Welten zu erforschen, um neue Technologien zu entdecken und sich den Goa'uld zu stellen. Die Charakter Jack O'Neill and Daniel Jackson aus dem Film sind teil von SG-1. Begleitet werden sie von Sam Carter, einer Wissenschaftlerin, und Teal'c, einem Jaffa, der davon überzeugt ist, dass die Goa'uld keine Götter sind.

Vor langer Zeit wurden die kleinen, gemütlichen und friedliebenden Halblinge -Hobbits genannt - versklavt. Die grausamen, kannibalischen, drachenreitenden Java-Männer machten sich das klein-wüchsige Volk gefügig und herrschen nun mit brutaler Gewalt über sie. Doch die Hobbits haben sich mit der Sklaverei noch nicht abgefunden und nun liegt es am jungen Hobbit Goben (Sun Korng) sowie dessen Vater und Schwester, sich gegen die dunklen Mächte zu erheben. Allerdings hätte diese kleine Gruppe alleine keine Chance gegen den übermächtigen Feind. Deshalb suchen sie nach den menschlichen Jägern - den "Giants" - um sich mit diesen zu verbünden und die Javas zu bekämpfen. Das heldenhafte Bündnis, das die beiden Rassen miteinander eingehen werden, wird auch ihr Verhältnis zueinander für immer verändern...