Nachdem Thomas (Dylan O'Brien) dem Labyrinth entkommen ist und die Brandwüste durchquert hat, sind die Abenteuer für ihn und seine Freunde noch längst nicht ausgestanden. Ein Jahr ist vergangen. Inzwischen haben er, Newt (Thomas Brodie-Sangster), Minho (Ki Hong Lee) und Teresa (Kaya Scodelario) so einiges in Erfahrung gebracht. Sie wissen nun, dass sie Teil eines groß angelegten Experiments waren, mit dem die Organisation Wicked ein Heilmittel für die weltweit ausgebrochene Seuche namens Der Brand finden wollte, die Menschen in tollwütige Bestien verwandelt. Thomas gehört zu den wenigen Personen, die gegen den letztendlich tödlich endenden Virus immun sind, und so fällt es nun ihm zu, den Verfall der Menschheit aufzuhalten.

Die 17-jährige Clare Shannon (Joey King) und ihre Freundinnen Meredith (Sydney Park) und June (Shannon Purser) haben es nicht leicht an der Highschool. Clares Vater (Ryan Phillippe) schenkt ihr eines Tages eine alte Spieluhr mit einer Inschrift, die besagt, dass dem Besitzer der Uhr alle Wünsche in Erfüllung gehen sollen. Clare hat nichts zu verlieren und spricht ihren ersten Wunsch aus. Zu ihrer Überraschung erfüllt er sich! Kurze Zeit später besitzt sie alles, was sie sich jemals erhofft hat: Geld, Ansehen und ihren Traumprinzen. Alles scheint perfekt zu sein. Doch dann sterben die Menschen, die ihr am nächsten stehen, auf grausame Art und Weise. Clare hat Blut an ihren Händen und muss die Spieluhr loswerden, bevor sie selbst und alle, die sie liebt, den ultimativen Preis zahlen müssen.