Die FBI-Agentin Olivia Dunham kommt einem Komplott auf die Schliche, bei dem der alternde Wissenschaftler Walter Bishop und sein mysteriöser Sohn Peter eine große Rolle spielen. Um in der Sache weiter zu kommen, muss Olivia Walter aus einer Irrenanstalt befreien. Gemeinsam lösen sie die unglaublichsten Fälle, die das FBI auf den Tisch bekommt und decken dabei langsam ein Geheimnis von unvorstellbaren Ausmaßen auf.

Der Bürgerkriegsveteran Jonah Hex macht, von seiner Rachsucht getrieben, Jagd auf Quentin Turnbull und dessen Handlanger Burke. Doch dann erfährt Hex, dass der Mörder seiner Familie bei einem Hausbrand ums Leben gekommen sein soll, der um ein Haar auch Hex mit erwischt hätte. Das Kontrastprogramm zwischen den heißen Schenkeln der Prostituierten Lilah findet aber ein jähes Ende, als Hex von Präsident Grant höchstpersönlich herbeizitiert, um Hilfe gebeten und faustdick überrascht wird: Turnbull lebt, hat eine fürchterliche Superwaffe gestohlen und plant einen verheerenden Anschlag auf die noch jungen Vereinigten Staaten von Amerika...