Nach einer Geschichte von Jules Verne: Während des amerikanischen Bürgerkrieges gelingt drei menschen die Flucht aus einem Gefangenenlager der Südstaaten. Jedoch verläuft ihr Ausbruch - in einem Ballon - nicht wie geplant, denn sie müssen auf einer einsamen Insel notlanden. Sie glauben, die Insel sei unbewohnt, wissen aber nicht, daß hier ein verrückter Wissenschaftler namens Dr. Nemo an einer Bombe arbeitet, die eine Bedrohung nicht nur für sie ist.

Im Jahr 1592 ist der Sieg der englischen Flotte über die spanische Armada schon vier Jahre her aber längst noch nicht vergessen. Besonders dem spanischen Captain Don Sandovante ist der englische Freibeuter Sir Francis Drake noch immer ein Dorn im Auge. Und so kommt es schließlich, dass die beiden mit ihren Schiffen eine abenteuerliche Wettfahrt unternehmen, um den "Baum des Lebens" zu finden. Doch für Drake ist dies nicht nur irgendein Rennen, denn die Kraft des geheimnisvollen Baumes könnte das Leben seiner geliebten Tochter retten...

Endlich Sommerferien! Die Pearson-Kids sind allerdings wenig begeistert, denn die Aussicht auf einen langweiligen Familienurlaub im idyllischen Ferienhaus senkt die Laune gewaltig. Als die Kinder auf dem Dachboden des Anwesens jedoch die kleinen außerirdischen Noobs entdecken, ist Schluss mit Langeweile.

Weil Ersatzvater Dave nach einem Unfall im Krankenhaus liegt, bekommen Chipmunk Alvin und seine beiden Brüder mit Daves Cousin Toby einen neuen Betreuer. Der allerdings ist so liebenswert wie schüchtern und überfordert. Damit sind die Chipmunks auf sich gestellt: in der Schule, wo Alvin über seine neuen coolen Freunde aus dem Footballteam seine Brüder vergisst, sowie im Popbusiness, wo ihr alter intriganter Manager mit den Chipettes, drei süßen Chipmunkgirls, echte Konkurrenz aufgebaut hat, die allerdings nur ihn reich machen soll.

1899: Um einen Weltkrieg zu verhindern, engagiert die britische Regierung eine Gruppe von außergewöhnlichen Menschen mit speziellen Fähigkeiten. Der Abenteurer Allan Quatermain, Captain Nemo, die Vampirin Mina Harker, der unsichtbare Rodney Skinner, der unsterbliche Dorian Gray, der US-Agent Tom Sawyer und Dr. Henry Jekyll aka Mr. Edward Hyde machen sich auf die Jagd, um das "Phantom" davon abzuhalten diesen Krieg auszulösen. Doch das erweist sich als schwerer als erwartet, denn dieser hat seine Spione überall.