Am 16. September 2005 taucht eine außerirdische Sonde vor einem Frachter auf und sendet ein Hochfrequenzsignal aus. Ein Großteil der Besatzung stirbt dadurch. Die Überlebenden verändern sich und werden stärker und widerstandsfähiger. Sie sind von dem Impuls getrieben, weitere Menschen zu infizieren indem sie zunächst das Aliensignal verwenden, später auch mit Hilfe manipulierter Nahrungsmittel. Um diese Bedrohung zu stoppen, wird die Organisation Threshold unter der Leitung von Dr. Molly Anne Caffrey ins Leben gerufen. Mit Hilfe von verschiedenen Spezialisten versucht sie, die Invasion zu stoppen.

Eine tödliche Seuche grassiert in New York und breitet sich schnell aus. Die offenbar unheilbare Infektion hat bereits vielen Kindern das Leben gekostet, weshalb sich die Insektenforscherin Dr. Susan Tyler gezwungen sieht, eine neue Schabenspezies heranzuzüchten und einen "natürlichen Feind" der seuchenübertragenden Kakerlaken zu erschaffen. Das Vorhaben scheint zu gelingen, die tödliche Epidemie wird gestoppt und schon bald ist der Vorfall vergessen. Drei Jahre später verschwinden plötzlich immer wieder Menschen im New Yorker Untergrund. Die Polizei vermutet, dass ein Serienkiller sein Unwesen treibt, doch Susan hat einen noch viel schlimmeren Verdacht: Die Schaben, die sie zur Bekämpfung der Seuche gezüchtet hat, sind mutiert und verstecken sich in den U-Bahn-Schächten der Stadt. Die überdimensionalen Insekten verfügen über säugetierähnliche Lungen und ernähren sich von Menschenfleisch. Susan muss erneut den Kampf gegen das hartnäckige Ungeziefer aufnehmen...