Als Captain Amazing, der legendäre Superheld von Champion City, in die Hände des wahnsinnigen Casanova Frankenstein und seiner discotanzenden Spießgesellen fällt, können unsere hoffnungsvollen Superhelden endlich zeigen, was in ihnen steckt. Sie sind die Mystery Men, ein bunt zusammengewürfeltes Team von Möchtegern-Superhelden bestehend aus: Mr. Furious, der seine Kraft aus seiner unbändigen Wut bezieht, Shoveler, ein Vater, der besser schaufelt als jeder andere, Blue Raja, ein gabelwerfendes Muttersöhnchen, Bowler, in deren Verbrechensbekämpfungsmethoden der Schädel ihres Vaters eine tragende Rolle spielt, Spleen, dessen Macht in seinen Blähungen liegt, Invisible Boy, der nur sichtbar ist, wenn gerade niemand hinschaut, und Sphinx, ein Klischees versprühender Philosoph. Mit seinen haarsträubenden Abenteuern, seiner unglaublichen Besetzung und seinem alternativen Humor ist "Mystery Men" so unwiderstehlich komisch, dass einmal Ansehen längst nicht genügt.

Ein erfolgloser Puppenspieler nimmt auf Drängen seiner etwas übertrieben tierlieben Frau einen Job bei einer skurrilen Firma im Zwischenstockwerk eines Bürogebäudes an. Eines Tages entdeckt er hinter einem Aktenschrank eine Pforte, die ihn als er hindurchkriecht direkt in den Kopf des Schauspielers John Malkovich befördert, wo er für fünfzehn Minuten durch dessen Augen sehen kann, ehe er aus dem Nichts über der Böschung einer Autobahnauffahrt wieder auftaucht. Während seine Frau von dem Erlebnis eher sexuell erregt wird, macht der Puppenspieler mit seiner Vorgesetzten ein Geschäft aus dem Fund, denn es gibt viele Menschen, die gerne für eine Viertelstunde mal John Malkovich sein wollen.