Nachdem Thomas (Dylan O'Brien) dem Labyrinth entkommen ist und die Brandwüste durchquert hat, sind die Abenteuer für ihn und seine Freunde noch längst nicht ausgestanden. Ein Jahr ist vergangen. Inzwischen haben er, Newt (Thomas Brodie-Sangster), Minho (Ki Hong Lee) und Teresa (Kaya Scodelario) so einiges in Erfahrung gebracht. Sie wissen nun, dass sie Teil eines groß angelegten Experiments waren, mit dem die Organisation Wicked ein Heilmittel für die weltweit ausgebrochene Seuche namens Der Brand finden wollte, die Menschen in tollwütige Bestien verwandelt. Thomas gehört zu den wenigen Personen, die gegen den letztendlich tödlich endenden Virus immun sind, und so fällt es nun ihm zu, den Verfall der Menschheit aufzuhalten.

Der junge Mogli ist nach einem Zwischenfall von seiner Familie getrennt und von nun an alleine im indischen Dschungel unterwegs. Er findet jedoch schon bald Zuflucht bei der Wolfsmutter Rakcha, die ihn als einer seiner Kinder aufzieht. Allerdings hat es der Tiger Schir Khan auf ihn abgesehen und Mogli bringt das Wolfsrudel unfreiwilig in Gefahr. Als er letztendlich von den Wölfen verstoßen wird, nehmen sich der Bär Balu und der Panther Baghira seiner an. Gemeinsam machen sie sich auf, Mogli zurück zu den Menschen zu bringen. Auf dem Weg durch den Dschungel bekommen sie es aber mit allerhand Gefahren zu tun, so auch der hinterhältigen Schlange Kaa und allen voran der Tiger Schir Khan, der immer noch hinter dem Menschenjungen her ist...