Im Kampf gegen das Böse kann es nur einen geben: Halbdämon Hellboy! Mit geschärftem Schwert, glutroten Hörnern und legendärer Eisenfaust hat er diesmal eine ganz besonders apokalyptische Mission: Er muss die mächtige Hexe Nimue und das Monster Gruagach stoppen, die zusammen mit einer Reihe weiterer mythischer Wesen, Tod und Zerstörung unter die Menschen bringen wollen. Doch dafür brauchen sie Hellboy. Denn seine Bestimmung war einst, selbst den Weltuntergang zu starten - bis sein Ziehvater Professor Broom ihn auf die gute Seite holte und als Spezial-Agent gegen die Monster dieser Welt einsetzte. Während Hellboy nun von Broom für einen Auftrag nach London geschickt wird, zieht Nimue eine Schneise der Verwüstung durch ganz England. Und plötzlich sehen sich Hellboy und seine Mitstreiter Anna und Ben nicht nur mit einer Armee der Finsternis konfrontiert, sondern auch mit ureigenen Dämonen. Die blutrote Schlacht kann beginnen!

Der Hacker Drew Reynolds (Sam Huntington) wird vom CIA gefasst und vor die Wahl gestellt: Entweder er arbeitet für sie und unterstützt sie bei ihren Ermittlungen oder er wandert für den Rest seines Lebens hinter Gitter. Drew willigt ein und will fortan fürs CIA arbeiten. Er hat nur eine Bedingung: Er möchte sein Team, genannt: The Throwaways, selbst zusammenstellen.