Nachdem Thomas (Dylan O'Brien) dem Labyrinth entkommen ist und die Brandwüste durchquert hat, sind die Abenteuer für ihn und seine Freunde noch längst nicht ausgestanden. Ein Jahr ist vergangen. Inzwischen haben er, Newt (Thomas Brodie-Sangster), Minho (Ki Hong Lee) und Teresa (Kaya Scodelario) so einiges in Erfahrung gebracht. Sie wissen nun, dass sie Teil eines groß angelegten Experiments waren, mit dem die Organisation Wicked ein Heilmittel für die weltweit ausgebrochene Seuche namens Der Brand finden wollte, die Menschen in tollwütige Bestien verwandelt. Thomas gehört zu den wenigen Personen, die gegen den letztendlich tödlich endenden Virus immun sind, und so fällt es nun ihm zu, den Verfall der Menschheit aufzuhalten.

Vor 2.000 Jahren wurde die ägyptische Prinzessin Ahmanet tief unter der Erde eingesperrt - aus gutem Grund! Denn wie Expertin Jenny Halsey aus Hieroglyphen entziffert, war Ahmanet als Anwärterin auf den Königsthron zu machtgierig und böse. Durch Mumifizierung und eine meterdicke Sandschicht sollte die Welt vor der Macht der Geschassten geschützt werden, doch nun wurde ihr Grab durch eine Bombenexplosion freigelegt und die Mumie ist erwacht. Ahmanet bahnt sich den Weg aus ihrem düsteren Grab hinein in unsere Gegenwart, in der es am Schatzsucher Nick Morton ist, Unheil von der gesamten Menschheit fernzuhalten. Über die Jahrhunderte hinweg hat sich in der Mumie unermessliche Wut und Bosheit angestaut und sie dürstet nach Rache. Nick und Jenny nehmen den Kampf auf, in den sich auch Dr. Henry Jekyll und dessen mysteriöse Geheimorganisation einmischen...