Nachdem viele der X-Men gestorben sind und die Allianz der Kämpfer mit den übernatürlichen Kräften aufgelöst wurde, befindet sich Logan aka Wolverine in einer Situation, in der er von der Verantwortung gegenüber seinem alten Team entbunden ist. Auf der Suche nach einem Grund zu leben, begibt er sich in das moderne Japan. Dort trifft er sowohl ihm gut und schlecht gesonnene Menschen und muss sich fragen, wem er trauen kann. Neben Feinden wie Industriellen, Politikern, Frauen und Ninjas trifft er auch auf seinen Erzfeind: Kenuichio Harada, besser bekannt als Silver Samurai. Als Mutant kann er verschiedene Stoffe mit Energie beladen und so mit seinem Samurai-Stahl jede Materie durchdringen. Wolverine entdeckt zum ersten Mal, dass es etwas gibt, das ihn verwundbar macht und stößt an seine körperlichen und emotionalen Grenzen. In einem seiner schwierigsten Kämpfe stellt er sich seiner eigenen Unsterblichkeit.

An einem unheimlichen See gibt es immer wieder mysteriöse Zwischenfälle, bei denen Menschen spurlos in Tiefen des dunklen Gewässers verschwinden. Niemand kann ahnen, dass für diese Todesfälle ein uraltes Wesen verantwortlich ist: Eine blutrünstige Meerjungfrau, die so gar nicht dem gewöhnlichen Bild dieser Kreaturen entspricht. Eines Tages verliebt diese sich jedoch in einen jungen Mann und verschleppt ihn in ihr unter der Wasseroberfläche liegendes Königreich. Nur eine Woche bleibt der Verlobten des Vermissten daraufhin, ihn aufzuspüren und aus den Fängen der Monster-Meerjungfrau zu befreien...

Vampir-Kriegerin Selene findet sich nach ihrem langjährigen Koma in einer Welt wieder, in der Menschen von der Existenz von Vampiren und Werwölfen wissen und mit allen Mitteln versuchen, beide Clans auszuradieren. Zwar konnte Selene ihre Hybrid-Tochter Eve mithilfe von David zuletzt aus der Gefangenschaft befreien, doch das heißt noch lange nicht, dass die Jagd auf ihre Rasse damit ein Ende gefunden hat. Darüber hinaus denkt Lykaner-Anführer Marius noch längst nicht an eine Aussöhnung ihrer Clans, nur weil beide übernatürlichen Spezies zur Zielscheibe geworden sind. Kann es Selene, David und dessen Vater Thomas gelingen, den ewigen Krieg zwischen Werwölfen und Vampiren zu beenden?