Nachdem Thomas (Dylan O'Brien) dem Labyrinth entkommen ist und die Brandwüste durchquert hat, sind die Abenteuer für ihn und seine Freunde noch längst nicht ausgestanden. Ein Jahr ist vergangen. Inzwischen haben er, Newt (Thomas Brodie-Sangster), Minho (Ki Hong Lee) und Teresa (Kaya Scodelario) so einiges in Erfahrung gebracht. Sie wissen nun, dass sie Teil eines groß angelegten Experiments waren, mit dem die Organisation Wicked ein Heilmittel für die weltweit ausgebrochene Seuche namens Der Brand finden wollte, die Menschen in tollwütige Bestien verwandelt. Thomas gehört zu den wenigen Personen, die gegen den letztendlich tödlich endenden Virus immun sind, und so fällt es nun ihm zu, den Verfall der Menschheit aufzuhalten.

Die Lexx ist ein insektenartiges Raumschiff, das seinerzeit in der Dark Zone von einem Diktator gebaut wurde, um entferntere Planeten zu unterdrücken und zu zerstören. Nun ist es im Besitz ehemaliger Rebellen, die in der Zone des Lichts einen neuen Heimatplaneten suchen. Wo sie auch ankommen, kommt es zu Problemen und Gefahren. Und die Vergangenheit holt sie immer wieder ein...