Zum dritten Mal versucht das tödliche Gemüse in der Geschichte des Films die Welt zu erobern: Was in den ersten Filmen begann, setzt sich nun erbarmungslos fort. Noch immer hat der wahnsinnige Tomaten-Experte Mortimer Gangreen den absurden Plan, die Welt mit Hilfe seiner Gemüse-Züchtungen in seine Gewalt zu bekommen. Als TV-Talkmaster Jeronahew plant er, die vor dem Fernseher verharrenden "Couch-Potatoes" in seine Tomatenkreaturen zu verwandeln. Nur Detektiv Lance Boyle und der Tomatologe Kennedi Johnson stellen sich der Gemüse-Verschwörung entgegen. Im legendären Kampf um den "Tempel des Brotes" scheint ihre Niederlage jedoch besiegelt zu sein...

Sechs Jahre sind ins Land gegangen, seit die Gremlins Kingston Falls in Schutt und Asche gelegt haben. Billy hat einen begehrten Job im High-Tech-Wolkenkratzer des Multimilliardärs Clamp. Eines Tages hört er das ihm vertraute Lied, macht sich auf die Suche, und stößt im Genlabor auf den kleinen Gizmo. Diesmal ist er fest entschlossen sich an die Regeln zu halten. Doch ein defekter Wasserspender macht alle guten Vorsätze zunichte. Bald verwandelt sich das hypermoderne Clamp-Center in ein total abgedrehtes Tollhaus.