Als die japanische Küstenwache eine verlassene Yacht in der Bucht von Tokio inspiziert, wird sie scheinbar aus dem Nichts angegriffen. In der Folge häufen sich ähnliche Zwischenfälle, sodass Deputy Chief Cabinet Secretary Rando Yaguchi (Hiroki Hasegawa) bald überzeugt ist, dass eine Art unbekanntes Lebewesen dahintersteckt. Mit seinen Warnungen stößt er jedoch so lange auf taube Ohren, bis sich plötzlich eine gigantische Kreatur aus dem Wasser erhebt und alles, was ihr im Weg steht, zerstört. Yaguchi stößt währenddessen auf die Forschungsarbeit eines in Ungnade gefallenen Professors und entdeckt, dass die Godzilla getaufte Kreatur durch radioaktive Strahlung entstanden ist. Das japanische und amerikanische Militär ist hilflos gegen Godzilla, also muss Yaguchi einen Weg finden, das Monster zu besiegen. Mit Hilfe der US-Sondergesandten Kayoko Ann Patterson (Satomi Ishihara) schmiedet er einen Plan...

Aus dem Weltall geht ein mysteriöser Ascheregen über Japan nieder, der den größten Teil der Bevölkerung in Zombies verwandelt. Die Überlebenden versuchen der Zombieplage Herr zu werden, indem sie die Untoten hinter einer großen Mauer wegsperren. Eines Tages macht sich die hübsche Kika mit einem Kettensägen-Schwert bewaffnet auf den Weg, um Japan ein für alle Mal von den Zombies zu befreien. Ihr Ziel ist ihre eigene Mutter, die Herrscherin über alle Zombies.