Eingesperrt in einem kleinen Zimmer auf dem Dachboden eines abgelegenen Waldhauses und isoliert von der Außenwelt, wächst Anna unter der Obhut eines mysteriösen Mannes auf, den sie nur als "Daddy" kennt. Mit schaurigen Geschichten über ein kinderfressendes Ungeheuer schürt er seit jeher ihre Angst vor der Welt außerhalb ihres Gefängnisses. Als Anna im Alter von 16 Jahren von der örtlichen Polizei befreit wird, fällt es ihr schwer, sich an die neue Lebenssituation in Freiheit zu gewöhnen. Erst als Sheriff Ellen Cooper den verstörten Teenager fürsorglich bei sich aufnimmt, beginnt Anna, ihre Angst vor der Außenwelt und dem Monster zu verlieren. Doch schon bald kommt es zu einer Reihe beunruhigender Ereignisse!

New York in den 1990er-Jahren: Der 12-jährige Junge Jacob (Luke Prael) hegt eine Begeisterung für düstere Comics, Monster wie Vampire und Horrorfilme. Dass der harte Stoff nicht kindertauglich ist, spiegelt sich in Jacobs nächtlichen Albträumen wieder, was Mutter Isabel (Samantha Mathis) zunehmend beunruhigt. Plötzlich entdeckt der Sonderling auch noch die Faszination für seine tote Großmutter, bis Jacob schließlich auf ein isoliertes Internat für Außenseiter geschickt wird. Dort erwartet ihn der mysteriöse Leiter Dr. Sherman (Will Patton) und einige weitere schräge Patienten. Doch dann fällt Jacob auf, dass er und seine sechs Mitinsassen auch schon alle sind, welche das Gebäude bewohnen. Was geht hier vor?