Während eines bemannten Raumfluges zum Mars wird ein Astronaut mit Alien-DNA infiziert. Zurück auf der Erde kann er entkommen und verschwindet mit dem Ziel, seine Spezies zu verbreiten. Einige Leute des Teams, das im ersten Teil die Schleimbraut erschaffen hat, wiederholen das damalige Experiment, und schicken die neue Sil los, um ihr männliches Gegenstück zu jagen.

Wissenschaftler des SETI-Instituts, einer amerikanischen Einrichtung zur Erforschung von Signalen aus dem Weltraum, empfangen eine Art DNA-Bauanleitung. Sie sollten es eigentlich besser wissen, aber im Sinne der Wissenschaft probieren sie die Instruktionen natürlich aus. Zuerst entwickelt sich nur ein unscheinbares kleines Mädchen, doch schon bald wird klar, daß das Kind übermenschliche Kräfte hat. Doch alle Erkenntnis und Reue kommen zu spät, denn das Wesen kann fliehen, und es wird ein Team von "Spezialisten"? angeheuert, die es unschädlich machen soll.

Im andauernden Krieg der Menschen gegen die Bugs gerät eine mobile Infanterieeinheit auf dem Planeten Angel Zulu in einen Hinterhalt und muss sich in einen verlassenen Außenposten der Föderation zurückziehen. Dort treffen sie auf Captain Dax, der zwar nicht gerade für seinen Respekt gegenüber Offizieren bekannt ist, aber große Erfahrung im Kampf gegen die Aliens hat. Mit seiner Hilfe gelingt es, die Verteidigungsanlage wieder in Gang zu bringen. Doch die Ruhe ist nur von kurzer Dauer, eine neue Gefahr droht... von innen!

1979 wurde ein kleines Kind von Satanisten geweiht, um sich zur Jahrtausendwende mit dem leibhaftigen Satan zu paaren. Nun naht das Ende des Millieniums und die Zeit ist reif. Da wird auf einen Wall Street Banker von einem Priester ein Attentat verübt, doch Jericho Kane, Leiter eines Sicherheitsunternehmens, kann seinen Kunden schützen. Doch sein Kunde ist in Wirklichkeit der leibgewordene Satan, der auch Jericho versuchen will. Langsam aber sicher kommt Cane der Wahrheit auf die Spur, doch die Zeit rinnt ihm unter den Händen davon...

Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Soldat Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers ("Gesichtsumklammerer") auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht auf dem Planeten Fiorina "Fury" 161, auf dem sich nur eine Strafkolonie befindet, eine Bruchlandung. Corporal Hicks und Newt sterben bei dem Aufprall bzw. durch Ertrinken, der Android Bishop ist nicht mehr funktionsfähig. Neben Ripley überlebt die Landung nur ein Facehugger, der sich in einem Rottweiler schnell einen neuen Wirt sucht. Das kurz darauf neugeborene Alien beginnt bald die Strafgefangenen zu dezimieren.