Am Ende des ersten Teils hatten sich Surfer und Bar-Besitzer Fin und seine Ex-Frau April miteinander versöhnt. Nun brechen sie zu einer Reise nach New York auf, um dort ihre alte Highschool-Freundin Skye zu besuchen. Was ein netter Ausflug sein sollte, nimmt bald eine beunruhigende Wende, denn die Ereignisse überschlagen sich erneut. Wiederum legt sich ein bizarrer Wirbelsturm über die Stadt: Es handelt sich um einen Sharknado. Das ungewöhnliche Wettersystem hatte dafür gesorgt, dass der Sturm an der Küste einen Haischwarm aufgesaugt hatte, die nun um die Freiheitsstatue ebenso wie über den Broadway tänzeln. Natürlich lassen sich die Sharknado-Experten dies nicht bieten, sondern gehen sogleich in die Offensive, indem sie dem Sturm mit Kettensägen und selbstgebauten Bomben trotzen.

Wenige Tage nach den Ereignissen des ersten Teils landet das Virus in Wasserflaschen in der örtlichen Highschool, wo gerade ein Frühlingsball organisiert wird. John möchte eigentlich mit seiner seit Jahren angebeteten Traumfrau Cassie hingehen, die seit kurzem von ihrem Freund getrennt ist. Allerdings lehnt sie seine Einladung ab, da ihr Bruder momentan krank ist. Deprimiert zieht er sich in sein Bett zurück und befürchtet schon einen Splatterfilmabend mit seinen Freunden, die es ebenfalls nicht auf den Ball zieht. Sein Kumpel Alex macht am Tag des Balls jedoch die Bekanntschaft von Liz, die gerade von ihrem Freund sitzengelassen wurde und Alex aus Rache oral befriedigt. Sie stellt ihm in Aussicht, vielleicht auf dem Ball zu erscheinen, weshalb er John überredet, mit zur Party zu kommen. Doch mittlerweile haben viele vom Wasser getrunken - und die, die es bisher nicht taten, erwartet in der Bowle noch eine böse Überrachung.