Im Kampf gegen das Böse kann es nur einen geben: Halbdämon Hellboy! Mit geschärftem Schwert, glutroten Hörnern und legendärer Eisenfaust hat er diesmal eine ganz besonders apokalyptische Mission: Er muss die mächtige Hexe Nimue und das Monster Gruagach stoppen, die zusammen mit einer Reihe weiterer mythischer Wesen, Tod und Zerstörung unter die Menschen bringen wollen. Doch dafür brauchen sie Hellboy. Denn seine Bestimmung war einst, selbst den Weltuntergang zu starten - bis sein Ziehvater Professor Broom ihn auf die gute Seite holte und als Spezial-Agent gegen die Monster dieser Welt einsetzte. Während Hellboy nun von Broom für einen Auftrag nach London geschickt wird, zieht Nimue eine Schneise der Verwüstung durch ganz England. Und plötzlich sehen sich Hellboy und seine Mitstreiter Anna und Ben nicht nur mit einer Armee der Finsternis konfrontiert, sondern auch mit ureigenen Dämonen. Die blutrote Schlacht kann beginnen!

Alice gelangt mit den restlichen Überlebenden nach Washington, D.C. Im Weißen Haus wartete jedoch eine böse Überraschung auf alle Beteiligten: Wesker hat das Kommando übernommen und infiziert Alice wieder mit dem T-Virus. Dadurch erlangt diese ihre alten Kräfte zurück und verwandelt sich in eine unberechenbare Killermaschine. Gleichzeitig ist Alice nun die letzte Hoffnung der Menschheit, denn das komplette Areal droht von hungrigen Zombies überrannt zu werden. Doch ist Alice auch bereit, sich mit ihrem Erzfeind zu verbünden, um den vernichtenden Machenschaften der Red Queen endgültig ein Ende zu setzen?