Der Glaube des jungen Priesters Merrin (Stellan Skarsgård) an Gott wurde durch schreckliche Erlebnisse während des Zweiten Weltkrieges erschüttert. Jahre später schließt er sich einer, von britischen Soldaten begleiteten, Expedition nach Kenia an, die auf der Suche nach religiösen Artefakten ist. Vor Ort haben Archäologen eine unerklärlich gut erhaltene christliche Kirche aus byzantinischer Zeit ausgegraben, in deren Inneren etwas Umheimliches darauf wartet, erweckt zu werden. Als der Wahnsinn die Bewohner der naheliegenden Stadt und die Soldaten befällt, muss Merrin tatenlos mit ansehen, wie diese rücksichtslos gegen die hilfslose Stadt vorgehen. Er hatte so etwas schon einmal gesehen und dafür gebetet, es nie wieder erleben zu müssen. Jetzt aber fließt das Blut der Unschuldigen über das afrikanische Land und der Horror hat gerade erst begonnen. An dem Platz wo das Böse geboren wurde, wird Pater Merrin sein wahres Gesicht entdecken...

Pater Lankester Merrin trifft in Afrika ein Archäologenteam, das eine Kirche ausgräbt, in der das Böse lauert.