Nachdem seine neueste Kreation versehentlich das Stadtzentrum zerstört undanschließend Richtung Himmel schießt, fürchtet Flint Lockwood zunächst, dass seine Erfinderkarriere hiermit beendet sei. Doch dann geschieht das Unglaubliche: Es regnet köstliche Cheeseburger - seine Maschine funktioniert! Aber die Menschen können von den Leckereien einfach nicht genug bekommen, bis der Apparat durchdreht und gigantische Spaghetti-Tornados mit riesigen Fleischbällchen auf die Erde loslässt. Mit Hilfe der Wetterreporterin Sam Sparks und seinem Assistenten Steve, einem sprechenden Affen, muss Flint eine Möglichkeit finden, die wildgewordene Maschine abzuschalten, bevor die Welt unter den megagroßen Fleischklößen begraben wird.

Horton ist ein sympathischer, phantasievoller Elefant, auf den man sich verlassen kann. Er lebt im Dschungel von Nümpels und hört eines Tages den Hilferuf eines Staubkorns: es sind die Hus. Für Horton ist klar, er muss Hu-Heim und dessen winzig kleine Kreaturen trotz des Spottes und der bösen Streiche anderer Dschungelbewohner beschützen: denn ein Mensch ist ein Mensch wie klein er auch sei. Dabei muss er sich vor allem gegen das überfürsorgliche Känguru und den fiesen Adler Vlad durchsetzen; aber auch die anderen Bewohner des Dschungels sehen durch Hortons angebliche Verrücktheit ihre Gemeinschaft bedroht.