Nach seinem Aufeinandertreffen mit den Avengers ist Peter Parker alias Spider-Man wieder zurück in New York, wo er bei seiner Tante May wohnt. Seitdem er mit bzw. gegen die anderen Helden kämpfte, fragt er sich, ob er mit seinen herausragenden Fähigkeiten nicht mehr machen sollte, als nur die freundliche Spinne aus der Nachbarschaft zu sein, die den einen oder anderen Einbruch verhindert und Taschendiebe stoppt. Doch daneben muss der von seinem neuen Mentor Tony Stark geförderte Jugendliche auch noch den Alltag auf die Reihe bekommen, den Alltag als Teenager an einer Highschool, wo er sich in Liz verguckt hat. Blöd, dass ausgerechnet in dieser Situation ein Bösewicht für Unruhe sorgt, der technisch bestens ausgestattet ist und von Rachedurst getrieben: der Vogelmann Vulture ...

Peter Pan hat Nimmerland den Rücken gekehrt. Schon vor Jahren ist der Junge, der niemals erwachsen werden wollte, in die "normale" Welt zurückgekehrt. Peter Banning ist mittlerweile ein seriöser und leicht reizbarer Anwalt. An seine Kindheit als verwegener Held kann er sich kein bisschen mehr erinnern. Sein alter Erzfeind Captain Hook jedoch hat nichts vergessen. Noch immer sinnt er auf Rache, seit er im Kampf gegen Peter eine Hand an ein gefräßiges Krokodil verloren hat. Hook entführt die beiden Kinder von Peter in die verborgene Welt. Fee Glöckchen gelingt es, Peter zurück nach Nimmerland zu führen. Zunächst ist er völlig überfordert mit der Situation. Doch mit Hilfe der "verlorenen Jungs" gewinnt er schließlich seine kindliche Fantasie zurück. Gemeinsam stellen sie sich dem entscheidenden Kampf gegen den schurkischen Piratenkapitän.