Der Krieg, den Koba mit den von der Seuche stark dezimierten Menschen angezettelt hat, ist in vollem Gange. Affen-Anführer Caesar geht es dabei gar nicht länger ums Gewinnen, er will lediglich einen Weg finden, wie er mit seinem Stamm in Frieden leben kann. Doch eine Spezialeinheit unter Führung des brutalen Colonel will Caesar um jeden Preis tot sehen und so werden im Urwald vor den Toren San Franciscos weiterhin blutige Gefechte ausgetragen, die in einem heimtückischen Anschlag auf das geheime Versteck der Affen gipfeln, das ein Verräter preisgegeben hat. Nun gärt in dem sonst friedliebenden Caesar das Bedürfnis nach Rache und mit seiner rechten Hand Rocket und einigen weiteren Getreuen macht er sich auf die beschwerliche Suche nach dem Colonel, fest entschlossen, keine Gnade mehr walten zu lassen.

Im Ersten Weltkrieg geht eine kleine Gruppe von britischen Soldaten, unter ihnen der junge Charlie Shakespeare, an der Front verloren und wird von dichtem mysteriösem Nebel umgeben. Nachdem sie ihm entkommen sind, suchen sie in einem komplexen Schützengraben der Deutschen Deckung. Sie töten die wenigen deutschen Soldaten, die sich noch in ihm befinden und nehmen einen Deutschen als Gefangenen. Dieser versucht ihnen mitzuteilen, dass die Stellung verflucht sei und das "Böse" dort lauere. Bei der Erkundung und Befestigung des Schützengrabens entdecken sie dort zudem ein kompliziertes Tunnelsystem. Außerdem finden sie Leichen deutscher Soldaten, die sich allem Anschein nach gegenseitig umgebracht haben.