Frühjahr 2001: der FBI-Agenten-Anwärter Eric O'Neill wird von der Chefin der Behörde Kate Burroughs auf den Agenten Robert Hanssen angesetzt, weil dieser sexuell abartig sei. Hanssen, ein überreligiöser Familienvater, der niemandem zu vertrauen scheint und sich durch verinnerlichten Patriotismus auszuzeichnen scheint, bietet aber O'Neill keine Angriffsfläche, sondern drängt sich praktisch in dessen Leben. Erst als O'Neill der Kragen platzt, erfährt er, daß Hanssen ein Doppelagent und Verräter sein soll, der seit Jahren Staatsgeheimnisse an die Sowjets verkauft hat. Bald wird O'Neills Aufgabe zu einem gefährlichen Katz-und-Maus-Spiel...

Auf ihrem jährlichen Angeltrip in ein abgelegenes Tal in den Bergen finden Stewart Kane und seine Freunde am Abend die Leiche eines Mädchens im Fluss. Am folgenden Morgen treffen sie eine folgenschwere Entscheidung: Anstatt die Rückreise anzutreten, verbringen sie den Tag beim Fischen. Als dann die Männer schließlich nach 'Jindabyne' zurückkehren und ihre Entdeckung melden, bricht die Hölle los. Ihre Frauen können nicht verstehen, wie sie mit dem toten Mädchen im Wasser weiterangeln konnten und besonders Stewarts Frau Claire (Laura Linney) ist zutiefst erschüttert. Ihre vorbelastete Ehe wird auf eine harte Probe gestellt als Claire beginnt, hartnäckig um die Wahrheit zu kämpfen und plötzlich vor der Entscheidung steht, ob ihre eigenen Vorstellungen von Moral und Gewissen wichtiger sind als ihre Familie. Und bald kippt auch die öffentliche Meinung, denn die Tote war eine Eingeborene...

Ein Priester hat bei der angeblich vom Satan besessenen Emily Rose einen Exorzismus durchgeführt. Wenig später stirbt das 19-jährige Mädchen. Daraufhin wird der Pfarrer wegen fahrlässiger Tötung angeklagt. Dessen Verteidigung übernimmt Anwältin Erin Bruner, eine überzeugte Agnostikerin, die aber schon bald an ihrem Unglauben zu zweifeln beginnt. Denn während der Priester vor Gericht die wahre Geschichte der verstorbenen Emily Rose zu erzählen beginnt, geschehen im Umfeld der Verteidigerin immer merkwürdigere Dinge.