Zwei Jahre nach ihrem letzten Einsatz sind FBI-Agent Matt Graver und Auftragskiller Alejandro erneut an der amerikanisch-mexikanischen Grenze unterwegs. Alejandro soll für Matt einen Krieg zwischen den verschiedenen Drogenkartellen vom Zaun brechen und dafür die Tochter des Kartellbosses und Terroristenschleusers Carlos Reyes entführen. Allerdings hat Alejandro noch eine private Rechnung mit Reyes offen.

Der Anführer des berühmten Seal Team SIX trifft in Afghanistan eine fragwürdige Entscheidung - bei der Jagd auf einen hochrangiges Taliban Mitglied erschiesst er einen jungen amerikanischen Staatsbürger.

Der wortkarge, glatzköpfige Mann ist ein namensloser Auftragskiller, ein Hitman. Agent 47 wird er deshalb genannt, weil das die letzten zwei Zahlen des Barcodes sind, die er als Tätowierung hinten auf seinem Kopf trägt. Die Markierung kennzeichnet ihn als einen der genetisch veränderten Auftragsmörder, die zur absoluten Elite auf ihrem Gebiet gehören. Sein neuster Auftrag setzt Agent 47 auf eine junge Frau namens Katia van Dees an, die auf der Flucht ist. Anstatt sauber über die Bühne zu gehen, entpuppt sich die Mission jedoch als äußerst schwierig. Der sonst so routinierte Hitman wird mit Enthüllungen bezüglich seiner Vergangenheit konfrontiert, die mit seinem Opfer in unmittelbarem Zusammenhang stehen. Auf einmal gerät er selbst in Gefahr und muss sich gegen Gegner wie den gefährlichen John Smith zur Wehr setzen.