Alvin, Simon und Theodore machen Urlaub auf einem Luxuskreuzer und verwandeln die Decks in ihren persönlichen Spielplatz. Aber dann: Die Chipmunks erleiden Schiffbruch! Und landen auf einer öden Insel. Während Dave Seville sich nur Gedanken darüber macht, dass sie sich unerlaubt von der Gruppe entfernt haben, hauen die Chipmunks auf den Putz, wie man es von ihnen kennt. Sie singen, tanzen und verbreiten Chaos. Aber sie erleben ihr blaues Wunder, als sie auf einer Abenteuerinsel einem Schiffbrüchigen begegnen, der Alvin und den Chipmunks durchaus gewachsen ist.

Als Schauspiellehrer ist Dana Marschz eine totale Null. Um zu verhindern, dass die Schulleitung seine Stelle streicht, muss Dana an seiner Highschool zur großen Nummer eins aufsteigen. Also schreibt er einen wahnwitzigen zweiten Teil der Shakespeare-Tragödie "Hamlet" und führt ihn öffentlich mit seinen Schülern auf. Schon bald hebt sich der Vorhang für eines der kontroversesten und politisch unkorrektesten Bühnenspektakel aller Zeiten.

Weil Ersatzvater Dave nach einem Unfall im Krankenhaus liegt, bekommen Chipmunk Alvin und seine beiden Brüder mit Daves Cousin Toby einen neuen Betreuer. Der allerdings ist so liebenswert wie schüchtern und überfordert. Damit sind die Chipmunks auf sich gestellt: in der Schule, wo Alvin über seine neuen coolen Freunde aus dem Footballteam seine Brüder vergisst, sowie im Popbusiness, wo ihr alter intriganter Manager mit den Chipettes, drei süßen Chipmunkgirls, echte Konkurrenz aufgebaut hat, die allerdings nur ihn reich machen soll.

Der Film erzählt die Geschichte von den beiden angehenden Rock-Stars Jack Black, genannt JB, und Kyle Gass alias KG und wie aus den beiden Jungs die größten Stars der Welt wurden.Gerade erst haben sie die Gründung ihrer Rock-Band TENACIOUS D gefeiert, als KGs Eltern ihrem nicht mehr ganz so jungen Sprössling mitteilen, ihm künftig keine Unterstützung mehr zu zahlen. Doch was tun, wenn die Miete bereits überfällig, aber weder Kohle noch ein Band-Erfolg in Sicht sind?Den beiden leidenschaftlichen Rock-Fans bleibt nur eine letzte Chance: der Sieg im Wettbewerb "Offenes Mikro" in ihrer Stammkneipe Al's Bar. Um den Wettbewerb zu gewinnen, müssten sie aber erst mal ein Meisterwerk schreiben. Das gestaltet sich schwieriger als erwartet ... Doch da kommt ihnen das Schicksal zu Hilfe: Sie entdecken, dass alle berühmten Rocker auf den Titelfotos ihrer gesammelten Rolling-Stone-Magazine eines gemeinsam haben: Sie scheinen alle das gleiche, mysteriöse Gitarren-Plektron zu benutzen ...