Die FBI-Agentin Olivia Dunham kommt einem Komplott auf die Schliche, bei dem der alternde Wissenschaftler Walter Bishop und sein mysteriöser Sohn Peter eine große Rolle spielen. Um in der Sache weiter zu kommen, muss Olivia Walter aus einer Irrenanstalt befreien. Gemeinsam lösen sie die unglaublichsten Fälle, die das FBI auf den Tisch bekommt und decken dabei langsam ein Geheimnis von unvorstellbaren Ausmaßen auf.

Eine finanziell aussichtsreiche Anstellung lockt den Modefotografen Benjamin Shaw (Joshua Jackson) und seine Frau Jane (Rachael Taylor) in die japanische Hauptstadt. Dort freut sich das Paar über den Geldsegen, hat ein schickes Apartment und genießt das Leben in der Metropole. Doch dann passiert ein mysteriöser Autounfall. Hier wird zwar niemand ernsthaft verletzt, doch Jane hat eine beunruhigende Entdeckung gemacht, auf der sie beharrt: Sie sagt, kurz vor dem Zusammenprall eine geheimnisvolle junge Frau auf der Straße gesehen zu haben. Gerade wurde der Vorfall abgehakt, da sind auf Benjamins Fotos plötzlich unheimliche milchige Fratzen zu sehen. Er behauptet, die geisterhaften Erscheinungen seien unbedeutende Entwicklungsfehler, aber Jane lässt sich davon nicht beruhigen und beginnt eine Recherche. Dabei entdeckt sie dunkle Seiten an ihrem Ehemann, die ihr bisher verborgen waren...