Nachdem Thomas (Dylan O'Brien) dem Labyrinth entkommen ist und die Brandwüste durchquert hat, sind die Abenteuer für ihn und seine Freunde noch längst nicht ausgestanden. Ein Jahr ist vergangen. Inzwischen haben er, Newt (Thomas Brodie-Sangster), Minho (Ki Hong Lee) und Teresa (Kaya Scodelario) so einiges in Erfahrung gebracht. Sie wissen nun, dass sie Teil eines groß angelegten Experiments waren, mit dem die Organisation Wicked ein Heilmittel für die weltweit ausgebrochene Seuche namens Der Brand finden wollte, die Menschen in tollwütige Bestien verwandelt. Thomas gehört zu den wenigen Personen, die gegen den letztendlich tödlich endenden Virus immun sind, und so fällt es nun ihm zu, den Verfall der Menschheit aufzuhalten.

Eines Tages wacht Thomas in einem Aufzug auf, aber das einzige, woran er sich erinnern kann, ist sein Vorname. Seine gesamten restlichen Erinnerungen sind verschwunden. Er stellt fest, dass er nicht allein ist: Als sich die Aufzugtür öffnet, strömen weitere Kinder auf ihn zu und begrüßen ihn. Der Ort, an dem er angekommen ist, nennt sich "die Lichtung" und wird von einer großen Steinwand umschlossen. Genau wie Thomas wissen auch die anderen Kinder nicht, warum sie dort sind und wie sie dorthin gelangt sind. Sie wissen nur, dass sich jeden Tag große Türen in der Steinwand zu einem Irrgarten öffnen, der hinter den Mauern liegt. Nachts schließen sich die Türen wieder und alle 30 Tage wird ein neuer Jugendlicher mit dem Aufzug gebracht...

Eines Tages wacht Thomas in einem Aufzug auf, aber das einzige, woran er sich erinnern kann, ist sein Vorname. Seine gesamten restlichen Erinnerungen sind verschwunden. Er stellt fest, dass er nicht allein ist: Als sich die Aufzugtür öffnet, strömen weitere Kinder auf ihn zu und begrüßen ihn. Der Ort, an dem er angekommen ist, nennt sich "die Lichtung" und wird von einer großen Steinwand umschlossen. Genau wie Thomas wissen auch die anderen Kinder nicht, warum sie dort sind und wie sie dorthin gelangt sind. Sie wissen nur, dass sich jeden Tag große Türen in der Steinwand zu einem Irrgarten öffnen, der hinter den Mauern liegt. Nachts schließen sich die Türen wieder und alle 30 Tage wird ein neuer Jugendlicher mit dem Aufzug gebracht...

Eines Tages wacht Thomas in einem Aufzug auf, aber das einzige, woran er sich erinnern kann, ist sein Vorname. Seine gesamten restlichen Erinnerungen sind verschwunden. Er stellt fest, dass er nicht allein ist: Als sich die Aufzugtür öffnet, strömen weitere Kinder auf ihn zu und begrüßen ihn. Der Ort, an dem er angekommen ist, nennt sich "die Lichtung" und wird von einer großen Steinwand umschlossen. Genau wie Thomas wissen auch die anderen Kinder nicht, warum sie dort sind und wie sie dorthin gelangt sind. Sie wissen nur, dass sich jeden Tag große Türen in der Steinwand zu einem Irrgarten öffnen, der hinter den Mauern liegt. Nachts schließen sich die Türen wieder und alle 30 Tage wird ein neuer Jugendlicher mit dem Aufzug gebracht...

1954 soll der U.S. Marshall Teddy Daniels das Verschwinden eines Patienten aus dem Bostoner Shutter Island Ashecliffe Hospital aufklären. Er hat sich aus persönlichen Gründen um diesen Auftrag bemüht, aber schon bald muss er sich fragen, ob er nicht durch die Ärzte manipuliert wurde, deren Methoden von unethisch über illegal bis skrupellos gehen. Teddys scharfsinnige Ermittlungsmethoden führen rasch zu einer vielversprechenden Spur, aber das Hospital verweigert ihm Zugriff auf Informationen, die den Fall erhellen könnten. Als ein Hurrikan die Verbindung zum Festland unterbricht, "entkommen" weitere gefährliche Kriminelle in dem Chaos und die verwirrenden Hinweise mehren sich, so dass Teddy an allem zu zweifeln beginnt - seinem Gedächtnis, seinem Partner und sogar seinem eigenen Verstand.

Irgendwann in den frühen 60ern haben zwei Eltern genug von ihrer schwer erziehbaren, scheinbar pyromanisch veranlagten Tochter und geben die einfach nur hypersensible, über gesteigerte sinnliche Wahrnehmung verfügende Heather in die wenig vertrauenerweckende Obhut eines äußerlich konservativ anmutenden, neuenglischen Mädcheninternats. Dessen komplett aus schrägen Vögeln rekrutierte Geschäftsleitung hat auf den neuen Backfisch nur gewartet - doch könnte Heather ihnen gewachsen sein...?

Reno, Nevada. Als Detective Jerry Black vom Eisangeln auf einem zugefrorenen See in den winterlichen Bergen zurückkehrt, tut Sekretärin Jean überrascht: Sie habe ihn gar nicht mehr erwartet, denn seine Pensionierung steht unmittelbar bevor. Doch dann ist es an Jack, 'überrascht' zu sein: Seine Kollegen im Revier haben mehr oder weniger heimlich eine große Abschiedsparty vorbereitet. Jerrys Vorgesetzter Eric bedankt sich für seine langjährige Mitarbeit und überreicht ihm sein Abschiedsgeschenk: eine Reise nach Mexiko, wo Jerry einen lang gehegten Traum wahr machen und auf hoher See Speerfische angeln soll. Zur gleichen Zeit bleibt ein Junge mit seinem Schneemobil in einer Schneewehe stecken. Er beobachtet, wie der Indianer Toby Jay Wadenah hastig ein Waldstück verlässt und mit seinem Truck davonfährt. Neugierig schaut der Junge im Wald nach und findet eine grässlich verstümmelte Mädchenleiche.