Seit seiner Kindheit verbindet Quentin mit dem geheimnisvollen Nachbarsmädchen Margo ein Geheimnis: Damals fanden sie zusammen die Leiche eines Selbstmörders und noch am gleichen Abend war Margo an Quentins Fenster geschlichen, um ihm die Schlüsse aus ihren Nachforschungen zu präsentieren. Neun Jahre später haben sich die beiden längst auseinander gelebt, doch dann steht Margo erneut, als Ninja verkleidet, vor seinem Fenster. Sie will losziehen, um sich an denjenigen zu rächen, die sie enttäuscht haben. Quentin folgt ihr in das nächtliche Abenteuer, doch am nächsten Tag ist Margo plötzlich verschwunden. Das Mädchen, das schon öfter von Zuhause ausgerissen ist, bleibt dieses Mal unauffindbar und kann auch von der Polizei nicht ausgemacht werden. Aber sie hat Spuren hinterlassen, die nur für Quentin bestimmt zu sein scheinen. Also entschließt er sich, das Rätsel um Margo zu lösen und sie wiederzufinden.

Inmitten der australischen Wüste befindet sich die unterirdische US- Forschungseinrichtung Pine Gap. Als diese von Unbekannten angegriffen wird und der Kontakt zur Außenwelt völlig abbricht, schickt man ein Elite-Team, um die dortigen Wissenschaftler zu evakuieren. Doch bald scheint die gesamte Mission gefährdet zu sein. Als sie versuchen die Einrichtung wieder zu verlassen, werden sie von etwas nicht Identifizierbarem angegriffen und entdecken, dass in Pine Gap unheimliche Experimente durchgeführt wurden, die außer Kontrolle geraten sind...

Simon ist ein Auktionator von wertvollen Kunstwerken. Da er Spielschulden hat, schließt er sich mit einer kriminellen Bande zusammen, um ein Gemälde im Wert von mehreren Millionen Dollar zu stehlen. Während des Raubes wird Simon bewusstlos geschlagen und als er wieder zu sich kommt, hat er keinerlei Erinnerungen mehr daran, wo er das Bild versteckt hat. Franck, der Anführer der Gang, versucht durch Drohungen und Folter an die Informationen zu kommen, doch ohne Erfolg. Er engagiert die Hypnotiseurin Elizabeth, die durch die Kunst der Hypnose den Ort des versteckten Gemäldes herausfinden soll. Als sie immer tiefer in Simons ohnehin schon kaputtes Unterbewusstsein vordringt, vermischen sich für ihn immer mehr die Grenzen zwischen Realität und Illusion.

Raymond "Red" Reddington ist ein ehemaliger Offizier des amerikanischen Marinegeheimdienstes und einer der meistgesuchten Verbrecher der USA. Eines Tages stellt er sich in der FBI-Hauptzentrale in Washington, D.C. und bietet dem FBI an, bei der Suche nach Verbrechern und Terroristen zu helfen. Allerdings verlangt er, einzig mit der FBI-Agentin Elizabeth Keen zu verhandeln, die vor Kurzem erst aus Quantico zugezogen ist. Die Informationen, die er weitergibt, stammen von einer von ihm über Jahre angelegten Liste, der sogenannten Blacklist. Reddington verfolgt mit seinen Enthüllungen erkennbar auch eigene, meist hochgradig illegale Absichten, aber sein vorrangiger Antrieb ist es, Kontakt zu Elizabeth aufzubauen und diese um jeden Preis zu schützen. Elisabeth Keen ist offiziell eine Vollwaise, die von Sam Keen, einem alten Freund von Reddington, großgezogen wurde. Als dieser wegen einer Krebserkrankung im Krankenhaus behandelt wird, erstickt Reddington ihn, damit er ein nicht näher benanntes Geheimnis nicht an seine Tochter verraten kann. Reddington versucht auch, Elizabeth davon zu überzeugen, dass ihr Ehemann Tom Keen ein auf sie angesetzter Undercover-Spion ist; dies gelingt ihm aber nicht, da Tom selbst ein intensives Verhör durch Meera Malik, der CIA-Agentin aus Elizabeths Team, besteht.

Die junge, clevere Casey Newton interessiert sich sehr für Wissenschaft. Eines Tages findet sie eine mysteriöse Anstecknadel, die sie Visionen von einer anderen Welt bekommen lässt, und lernt den einst genialen Erfinder Frank Walker kennen. Walker hat jedoch seine frühere Klasse verloren und ist stark desillusioniert. Der Hauptgrund dafür ist, dass er eine Art von Parallel-Universum, das Tomorrowland genannt wird, verlassen musste. Dies traf ihn besonders schwer, da es dort keinerlei Sorgen gab, sondern Frieden und Glückseligkeit herrschten. Nach seinem erzwungenen Abschied aus der Parallelwelt hat David Nix dort die Herrschaft übernommen und die wunderbare Welt in etwas Dunkles und Böses verwandelt. Gemeinsam wollen das Mädchen und der Erfinder nach Tomorrowland zurückkehren, um es zu dem blühenden Ort zu machen, der es einst war.